指示种是指这样一类物种，其生物学或生态学特性（如出现与缺失、种群密度、传布和繁殖成功率）可表征其他物种或环境状况所具有的，如中国南方山区的蜈蚣草可用于指示土壤的石灰性，芒萁指示土壤的酸性( pH 4.5~5.5)，盐角草指示土壤的强盐性。但是指示种难以直接测度或测度费用太高的特征参数。指示种的存在和丰富度（甚至是个体特性，如行为或激素水平）都可以反映出发生在整体群落或生态系统水平的变化。许多不同的类群已经被用作表示群落水平下降的指示种，这些下降的原因是因为污染，例如包括鸟类、蜘蛛及菌根真菌等都常被用作指示种。指示种还被用来测定恢复演替的程度。指示种和功能集团的选择对研究是很重要的。